Interactions entre microbiologie anaérobie et géochimie du sol. Description des dynamiques microbiennes

Résumé :

L’anaérobiose dans le sol peut avoir des impacts néfastes sur le sol, la zone non saturée profonde, la nappe, et l’atmosphère. Dans ces conditions, les activités microbiennes sont en étroite interaction avec les transformations géochimiques abiotiques tant au niveau de la solution que des phases solides. Quelques modèles combinent la description des processus microbiens et des transformations géochimiques dans le sol. Jusqu’à présent, les évolutions quantitatives et qualitatives des populations microbiennes n’ont pas été mesurées simultanément pour attester de la fiabilité des modèles proposés. Les dynamiques microbiennes globales peuvent être caractérisées en quantifiant la biomasse ou en comptant les microorganismes. Les dynamiques de groupes microbiens spécifiques peuvent être suivies par des techniques de biologie moléculaire en utilisant des amorces spécifiques de l’ARNr16S. Toutefois, e méthode n’a été mise au point pour analyser simultanément les dynamiques de nombreuses communautés microbiennes fonctionnelles en relation avec les processus géochimiques du sol. Récemment, une nouvelle méthode combinant biologie moléculaire (PCR-SSCP) et dénombrements directs a permis de caractériser les dynamiques des communautés microbiennes fonctionnelles en relation avec les transformations géochimiques du sol.