Impact dámendements organiques sur la structure des communautés microbiennes des sols : Choix des méthodes, validation et résultats

Résumé :

L’analyse des communautés microbiennes, bactériennes et fongiques présentes dans un sol peut permettre d’évaluer la capacité des écosystèmes à répondre à des changements de conditions environnementales. L’étude présentée ici a pour objectif d’estimer l’impact de produits résiduaires organiques (PRO) de nature différentes sur la structure des communautés microbiennes dans les sols (bactériennes et fongiques, incluant les champignons mycorhiziens) en utilisant deux techniques d’analyse de l’ADN extrait des sols : la PCR-TTGE et la PCR-RFLP. Des échantillons de sol et de racines ont été prélevés sur dispositif expérimental de Feucherolles (78) ente septembre 2004 et octobre 2006, et plus précisément sur parcelle Témoin sans azote (-N), Témoin fertilisé (T+N), avec apport de compost d’ordures ménagères résiduelles avec fertilisation (OGM+N), et apport de compost déchets verts et boue et fertilisation (DVB+N). Les analyses de la structure des différentes communautés étant effectuées par différentes techniques et par trois laboratoires différents, une validation inter-laboratoires a été nécessaire. Le principe de chacune de ces techniques, leur application aux échantillons prélevés sur le site de Feucherolles et une synthèse des résultats obtenus sont présentés. La structure des communautés bactériennes et fongiques dépend de la méthode d’extraction d’ADN obtenus avec les différentes méthodes d’extraction permettent d’aboutir à la même conclusion quant à la discrimination des traitements. Les résultats montrent que les communautés bactériennes et fongiques du sol du site de Feucherolles semblent assez stables et peu influencées par les traitements (OMR+N, DVB+N, T+N)Andou que l’effet des traitements est masqué par d’autres affects comme un effet temporel ou une variabilité spatiale.