Les réservoirs résultant de la construction de barrages noient de la végétation et des sols. Leur évolution suit trois phases. – Dynamique initiale : les nouvelles niches écologiques ouvertes ainsi que les stocks de carbone et de nutriments contenus dans la végétation vivante et morte contribuent à une hausse brutale du niveau trophique et de la productivité des réservoirs. Ce phénomène appelé « trophic upsurge » est d’importance et de durée variables. Il s’accompagne d’une désoxygénation et d’émissions de CO2 et de CH4 d’autant plus fortes que la température est élevée. – Dynamique à moyen terme : le marnage induit par l’exploitant exonde temporairement les sols noyés qui sont alors soumis à l’érosion par le batillage des vagues. Dès que la pente dépasse 5 % les matériaux érodés sont redistribués dans la zone toujours en eau contribuant au « trophic upsurge » et à la sédimentation. Ces phénomènes ont été très peu quantifiés. Des résultats récents obtenus sur la retenue de Sarrans (Aveyron) suggèrent que ce phénomène est à l’origine d’une proportion importante de l’accumulation sédimentaire. L’influence écologique de l’apport de nutriments associé à la redistribution des sols pourrait être significative dans les environnements oligotrophes. On connaît très mal l’évolution des sols ennoyés au fond des retenues. Des observations préliminaires effectuées sur la retenue de Sarrans montrent que les sols conservent leur structure d’origine. Elles suggèrent aussi que des sols bruns de prairie ennoyés en permanence depuis 80 ans ou exondés occasionnellement ont perdu 30 % de leur carbone par minéralisation. – Dynamique à long terme : A long terme ce sont les sols du bassin versant et de la zone de marnage en pente faible qui influencent l’écologie des retenues. Les sols du bassin versant dans la mesure où le contexte écologique influence l’érosion et l’apport de nutriments. Les sols de la zone littorale dans la mesure où ils soutiennent une production végétale qui peut contribuer à filtrer l’eau mais aussi à l’alimenter en carbone organique minéralisable. Il semble que l’émission de gaz à effet de serre par les réservoirs est toutes choses égales par ailleurs plus importante que celle des lacs naturels probablement en raison de la forte sédimentation et des variations de pression qui favorisent l’émission de CH4 en particulier lors du passage en turbine.
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